Pokristjanjevanje jakijev je bilo tisto, kar je leta 1609 omogočilo širjenje vernikov, ki so prodrli na ozemlje Sonore.
Med kolonijo je Sonora ustrezala le pobočjem Sierra Madre Occidental, vključenim v meje te entitete. Regija, ki je tekla severno od reke Yaqui, vključno z Real de la Cieneguilla, se je imenovala Pimería Baja, najsevernejša regija od tistega Reala do reke Colorado - že v sedanji severnoameriški zvezni državi Arizona - pa Pimería Alta.
Današnje ozemlje Sonora vključuje tudi majhno regijo na jugozahodu Pimerije, ki se nahaja v zvezni državi Chihuahua in Ostimuri, kraj, ki leži na obalah Kalifornijskega zaliva, med rekama Mayo in Yaqui.
Leta 1614 sta misijonarja Pérez de Rivas in Pedro Méndez pokristjanjela Maje na območju Ostimurija, ki so misijo razdelili na tri okrožja: Santa Cruz (ob ustju Mayo), Navojoa in Tesia.
Tepahuji so bili skupaj s Cornicarisom leta 1620. Oče Miguel Godínez je ustanovil misiji San Andrés de Cornicari in Asunción de Tepahui . Istega leta je bil ustanovljen Rektorat San Ignacio, ki je poleg petih prej omenjenih misij vključeval še misije Bacúm, Torín in Rahún, ki se nahajajo ob ustju Yaquija.
Leta 1617 sta Yaquis spreobrnila starša Pérez de Rivas in Tomás Basilio. Kljub vstajam, izgredom, mukam in umorom je bila sprememba Sonore hitrejša in varnejša. Do 17. stoletja so se jezuiti razširili in ustanovili poslanstvo Maycobe in Yecore v jugozahodnem delu mesta, ki so ga poznali kot Chínipas.
Misije od reke Yaqui proti severu so bile razdeljene v štiri rektore: misija San Borja je združila misiji: Cucumaripa in Tecoripa , ustanovljeno leta 1619; Movas in Onovas, leta 1622; Sahuaripa leta 1627; Matape leta 1629; Onapa leta 1677 in Arivechi , leta 1727. Rektorat treh svetih japonskih mučenikov, ki je vključeval Batuco, ustanovljen leta 1627, Oposuro leta 1640 in Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca in San Miguel Bavispe , ustanovljeno leta 1645. In rektorat San Javier, ki je leta 1636 vključeval misije Ures; Aconchi, Opodepe in Banámichi leta 1639; Cucurpe in Arizpe leta 1648 in Cuaquiárachi leta 1655.
Leta 1687 je misijonar Eusebio Francisco Kino vstopil v Pimería Alta in začel misije rektorata Nuestra Señora de los Dolores, ustanovil je: Caborca, ki ji je bil dodeljen Francisco Javier Saeta, ki vodi korespondenco z njegovo duhovno podporo, oče Kino; Atil, Tubutama, Žalostna Gospa de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera in Imuris.
Po izgonu jezuitov so bile misije zadolžene za frančiškane, ki niso več gradili in so se omejili le na ohranitev obstoječih. Ko so jezuiti že ustanovili naselji v Sinaloi in Sonori, so svoje oči usmerili na kalifornijsko ozemlje.
