Hidalgo je odšel proti Aguascalientesu in se odpravil proti Zacatecasu. Iz Zacatecasa je Hidalgo šel skozi Salinas, Venado, Charcas, Matehuala in Saltillo.
Tu so ugotovili, da so glavni voditelji z najboljšimi četami in denarjem odšli v ZDA. Že na poti so jih rojalisti ujeli 21. marca v Norias del Baján ali Acatita del Baján. Hidalga so odpeljali v Monclovo, od tam je 26. marca odšel skozi Alamo in Mapimí, 23. pa je vstopil v Chihuahua. Nato se je oblikoval postopek in 7. maja je bila sprejeta prva izjava. Cerkvena narava Hidalga je povzročila, da se je njegovo sojenje zavleklo bolj kot sopotniki, 27. julija je bil izrečen degradacijski kazen, 29. julija pa je bil usmrčen v kraljevi bolnišnici, kjer je bil Hidalgo zaprt. Vojno sodišče je zapornika obsodilo na orožje, ne na javno mesto kot njegovi tovariši, in ga streljalo v prsni koš in ne v hrbet ter tako ohranilo glavo. Hidalgo je stavek mirno slišal in se pripravil na smrt.
Njegov zadnji dan je opisan takole: »V zaporu so mu postregli čokoladni zajtrk in ga prosil, naj mu namesto vode postrežejo s kozarcem mleka, ki ga je končal z izjemnim apetitom in užitkom. Trenutek kasneje so mu povedali, da je napočil čas za mučenje; Slišal ga je brez sprememb, vstal na noge in izjavil, da je pripravljen oditi. Pravzaprav je prišel iz gnusne kocke, v kateri je bil, in se je po korakih petnajst ali dvajset korakov za trenutek ustavil, ker ga je častnik straže vprašal, ali mu je bilo treba kaj ponuditi na razpolago nazadnje; Na to je odgovoril pritrdilno, da želi, da mu prinesejo nekaj sladkarij, ki jih je pustil na blazinah: res so jih prinesli in jih razdelil med iste vojake, ki naj bi streljali nanj in korakali za njim, jih je spodbudil in potolažil s svojim odpuščanjem in njegove najslajše besede, da opravljajo svoje delo; In ker je dobro vedel, da mu je bilo naročeno, naj ne strelja z glavo, in se je bal, da bo veliko trpel, ker je bil še mrak in predmeti niso bili jasno vidni, je zaključil z besedami: »Desna roka, ki jo bom dal na prsi, bo , moji otroci, varna tarča, do katere morate iti ".
»Klop mučenja je bil postavljen tam v notranjem hodniku omenjene šole, za razliko od tega, kar je bilo storjeno z drugimi junaki, ki so bili usmrčeni na trgu za stavbo in tam, kjer je danes spomenik. to nas spominja nanj in nov nakupovalni center, ki je nosil njegovo ime; In ko je Hidalgo vedel za kraj, kamor se odpravlja, je s trdnim in spokojnim korakom stopil in ne da bi pustil zavezanih oči, molil je z močnim in gorečim glasom psalm Miserere me; Prispel je na oder, ga z resignacijo in spoštovanjem poljubil in kljub nekaterim prepirom, zaradi katerih ni sedel z obrnjenim hrbtom, zasedel sedež obrnjen spredaj, položil roko na srce in vojake opomnil, da je to točko, kjer naj ga ustrelijo, in trenutek kasneje je eksplodiral odboj pet pušk, od katerih je ena učinkovito prebila desno roko, ne da bi ranila srce. Junak je bil skoraj neobremenjen in napel molitev, njihovi glasovi pa so bili utišani, ko je bilo spet detoniranih še pet gobcev puške, katerih krogle so mimo telesa pretrgale vezi, ki so ga vezale na klop, in moški je padel v jezero krvi še ni umrl; potrebni so bili še trije posnetki, da bi zaključili tisto dragoceno obstoj, ki je več kot 50 let spoštoval smrt.
Sonce se je komaj rodilo, ko se je že postavilo javnosti, na stolu in na precejšnji višini ter natančno na zunanji strani. Njegova glava z glavo Allendeja, Aldame in Jiméneza je bila postavljena v železne kletke v kotih Alhóndiga de Granaditas v Guanajuatu. Telo so pokopali v tretjem redu San Francisco de Chihuahua, leta 1824 pa so prtljažnik in glavo prinesli v Mehiko, da bi jih pokopali z veliko slovesnostjo.
