Ker niso vedeli, kako daleč se razteza sever države, so jezuiti prispeli v Čivavo. V 17. stoletju je sedanjo državo na njenem jugozahodnem delu sestavljala regija Chínipas, ostalo ozemlje pa je bilo razdeljeno med zgornjo in spodnjo Tarahumaro.
Prvi poskusi evangelizacije Chihuahua so bili na potovanjih jezuitov, ki so se prej naselili v državi Sinaloa. V regiji je bila prva zgrajena tista, ki jo je leta 1621 postavil pater Juan Castini in je bila znana kot misija Chínipas.
Jezuiti so delali v gorah med Indijanci Tepehuani, Guazaparas in Tarahumara, medtem ko so frančiškani delali v dolinah in ravninah. Prvi stabilni misijonar v regiji Chínipas je bil jezuitski pater Julio Pascual, ki je bil mučeni leta 1632 skupaj z očetom Manuelom Martínezom. Do leta 1680 je Fray Juan María Salvatierra močno spodbudil misijo, ki se je utrdilo v letih 1690 in 1730. Sredi 17. stoletja so jezuitske misije v regiji Chínipas postale eno najbolje organiziranih in naprednih.
Na jugu se je nahajal Nabogame, kjer si še danes lahko ogledate cerkev, kurat in misijonsko hišo, ki jo je zgradil pater Miguel Wiytz leta 1744. Na istem območju se nahaja Baborigame Satevo, ki je novo moč dobila z upravo očeta Luisa Martína. in Tubares, ki ga je leta 1699 ustanovil oče Manuel Ordaz, oživil pa ga je uprava zgodovinarja Félixa Sebastiana. Slednji je veljal za enega najbogatejših v cerkvi, hiši, živini in na rančih. V središču so misije Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana in na severu Babarocos in Moris.
Območje Tarahumara Baja je prvič evangeliziral oče Juan Fonte, ki je prvič vstopil leta 1608. Leta 1639 je oče Jerónimo Figueroa zgradil misijo San Pablo Balleza in Huejotitán (San Jerónimo), medtem ko je hkrati oče José Pascual gradil San Felipe. V isti regiji Tarahumara se nahajajo tudi La joya, Santa María de las Cuevas in San Javier Savetó, slednjo misijo je leta 1640 zgradil oče Virgilio Máez.
Kar zadeva ozemlje Alte Tarahumara, ki je obsegalo središče in sever te entitete, so evangelizacijsko delo začeli očetje Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay in Neuman. V tej regiji so bile misije: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí ali Temeichi, Coyachi ali Coyachic, Tomochi ali Tomochic, Tutuaca ali Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi in Matachi. Sredi sedemnajstega stoletja je jezuitsko poslanstvo Chihuahua postalo najbolje organizirano in upravljano, z izjemo tistih v Kaliforniji.
Na ozemlju Chihuahuana je bilo tudi misijonsko delo frančiškanov. Cilj verskih ustanov je bil dokončati povezavo, ki je že obstajala na severu Zacatecasa, za kar so ustanovili samostane v Chihuahua in Durango. Samostani so morali, tako kot jezuiti, izpolniti cilj evangelizacije nevernikov. Izdelane so bile stavbe Matere božje s severa, ki je danes Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva ali Bacínava (Gospa od Rojstva ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua in Casas Grandes.
