Zgrajena na pobočjih hribov, se je morala urbana struktura tega mesta prilagoditi topografskim vidikom terena, čeprav je poskušala spoštovati mrežaste oblike, kot je šahovnica.
Ta vidik mu je sčasoma omogočil, da je zrasel odmereno in skladno, kar je skozi stoletja ohranilo svoj prvotni značaj. Njen temelj je izhajal iz potrebe po zaščiti in zaščiti popotnikov, ki so med Zacatecasom in prestolnico tedanjega kraljestva Nova Španija prevažali predvsem minerale, ki so jih oblegali domorodni nomadi države Chichimeca. Okoli leta 1542 je Fray Juan de San Miguel je v bližini sedanjega mesta ustanovil mesto z imenom Itzcuinapan, nadangela San Miguela pa je posvetil zavetniku. To primitivno prebivalstvo je imelo resne težave z oskrbo z vodo, poleg neprekinjenih in nasilnih napadov avtohtonih Chichimecas v okoliških regijah. Zaradi tega so prebivalci vile de San Miguel naselje preselili nekaj kilometrov severovzhodno; to je bil kraj, kjer bi leta 1555 na zahtevo podkralja don Luisa de Velasca vilo de San Miguel el Grande ustanovil don Ángel de Villafañe. Podkralj je prav tako zahteval, da se tam naselijo španski sosedje, ki jim bodo podelili zemljo in živino, medtem ko bodo avtohtonim ljudstvom, ki so živeli v njem, oproščeni davek in bodo njihovi poglavarji upravljali, da bi se izognili prihodnjim uporom.
8. marca 1826 ga je državni kongres postavil za mesto in spremenil ime, ki bo odslej San Miguel de Allende, v čast slavnemu vstajniku, ki se je tam rodil leta 1779.
V tej privlačni kolonialni podobi je nameščenih več zares izjemnih palač tistega časa. Med najbolj izstopajočimi je Mestna palača, nekdanja mestna hiša, zgrajena leta 1736. Hiša, v kateri se je rodil Ignacio Allende, primer baročne arhitekture mesta, zlasti na njeni fasadi, in ki je trenutno Pokrajinski muzej. Kanal Casa del Mayorazgo de la Canal s čudovito neoklasično fasado je proti koncu 18. stoletja dokončal José Mariano de la Canal y Hervas, starešina, dekan in kraljevski praporščak. Stara graščina Don Manuela T. de la Canala, gradnja leta 1735, ki je bila obnovljena v skladu s projektom slavnega španskega arhitekta Don Manuela Tolsá leta 1809; V stavbi je trenutno inštitut Allende in poudarja širino notranjih teras, čudovite kapelice in izjemne arkade. Hiša inkvizitorja, ki je služila kot rezidenca komisarja Svetega urada in je iz leta 1780. Hiša Marqués de Jaral de Berrio, zgrajena konec 18. stoletja, in hiša grofov Loja z elegantno fasado.
Kar zadeva versko arhitekturo, se mesto ponaša z arhitekturnimi zakladi izredne vrednosti, kot sta cerkev in samostan Santo Domingo, trezna stavba iz leta 1737. Samostan Leal de la Concepción, ki je trenutno Kulturni center, To je izjemna stavba s svojo ogromno teraso; Zgradil jo je v 18. stoletju arhitekt Francisco Martínez Gudlño.
Kapela Santa Cruz del Chorro, ena najstarejših; tempelj tretjega reda iz začetka sedemnajstega stoletja. Čudovit ansambel templja in oratorija San Felipe Neri iz zgodnjega 18. stoletja; cerkev ima bujno baročno fasado iz roza kamnoloma in z dekoracijo močnega avtohtonega vpliva. Njegova notranjost ima raznoliko in bogato okrasje med pohištvom, skulpturami in slikami, vrednimi občudovanja, poleg čudovite kapele Santa Casa de Loreto in njene Camarín de la Virgen, tako izvrstno urejene kot zaradi predanosti markiza Manuela Tomás de la Canal. V bližini oratorija je tempelj Matere Božje od zdravja, zgrajen v 18. stoletju s poglobljeno fasado, ki jo krona velika školjka.
Med najprivlačnejšimi v mestu je tudi tempelj v San Franciscu iz 18. stoletja s čudovito fasado Churrigueresque, znamenita župnija pa je skoraj simbol San Miguela de Allende; Čeprav je njegova gradnja v neogotskem slogu novejša, je bila zgrajena na strukturi starega templja iz 17. stoletja in je v celoti spoštovala njegovo notranjost in prvotni načrt.
Zelo blizu mesta je svetišče Atotonilco, zgradba iz 13. stoletja treznih razsežnosti, ki je videti kot trdnjava in v kateri so ohranjene dragocene slike iz istega stoletja.
