Zdravnik in učitelj Sebastián Roldán y Maldonado je z oporoko leta 1735 dal svoje bogastvo v višini 26 tisoč pesosov za misije jezuitov v novošpanskem svetu.
Njegova sestra, gospa Ángela Roldán, vdova H. (O) rdeñana, se je kasneje, leta 1743, odločila, da bo zapuščini svojega brata za isti namen dodala 50 tisoč pesosov. Nato so se nadrejeni odločili, da bodo v Puebli pridobili zemljišče ob trgu Plaza de Guadalupe za gradnjo cerkve in šole San Francisco Javier, zadnje pomembno delo Družbe Jezusove v tem mestu in v Mehiki pred njihovim izgonom.
Med 1. in 13. decembrom 1751 je bilo odprtje cerkve in šole, da bi tako kot cerkev San Gregorio de México, med domačimi posredovali krščanski nauk in prva pisma, opravljali misijonarstvo v soseskah Angelópolis in Sierra de Puebla, pa tudi za usposabljanje jezuitov v naravnih jezikih. V zgodnjih letih je imela več kot 200 študentov.
Tam je delal kot indijski delavec od leta 1761, po zapisih je najbolj znana osebnost njegovega časa: Francisco Javier Clavijero (1731-1787), pomemben in ugleden jezuit v zgodovini idej, predhodnik naše odvisnosti, pobudnik in vzvišenost naše močne avtohtone kulturne zapuščine, reformator moderne mehiške filozofije in poučevanja naravoslovja zaradi »razumevanja domovine kot resničnosti, ki se razlikuje od Španije«, in njene trajne in občutljive lekcije o ljubezni do našega.
Clavijero je že bil v Puebli in pred leti v San Jerónimu, San Ignaciu, EI Espíritu Santo in San Ildefonsu, ki so bili dejavniki njegovega humanističnega treninga. Vrnil se je v San Javier, potem ko je odkril čudovito zapuščino, ki jo je Carlos de Sigüenza y Góngora pustil v Colegio de San Pablo de la Vieja México-Tenochtitlan, ki ga je zagotovo privlačila avtohtona veličina, kulturne korenine Mehike. Predpostavlja se, da se je ta jezuit naučil Nahuatla v San Javierju, kar bi mu omogočilo, da v izgnanstvu napiše svojo temeljno starodavno zgodovino Mehike.
Nedvomno je njegovo bivanje v Puebli prispevalo k oblikovanju te izjemne osebnosti, ki je prešla iz Angelópolisa v Valladolid (Morelia), kjer so kasneje njegova učenja vplivala na oblikovanje državnih osebnosti, kot je Miguel Hidalgo y Costilla.
Cerkev San Javier, zgrajena v osemnajstem stoletju, je bila ena najlepših stavb ignacijevega reda v Puebli, njena dekoracija je vsega okusa, njena arogantna kupola ima en sam stolp, njene čudovite podobe fasade treh teles muhast dorski, pravi Marco Díaz. Njegove arkade in terasa so se anarhično preoblikovale leta 1949, pri čemer je ostal le stranski vhod zanimivih oblik.
V apsidi je bila pozlačena oltarna slika izvrstne in izvrstne izdelave, v središču katere je bila pod čudovitim enako velikim paviljonom postavljena čudovita podoba svetega Frančiška Ksaverja. Po besedah dr. Efraína Castra so avtorji te oltarne slike isti, ki so naredili tistega v Tepozotlanu: Miguel Cabrera in Higinio de Chávez.
Tempelj je bil opuščen z izgonom jezuitov leta 1767; 28 let kasneje, leta 1795, se govori o njegovem velikem poslabšanju, naslednje leto pa Antonio de Santa María Inchaurregui komentira njegovo popravilo. Trenutno ni znan končni cilj umetniškega bogastva, na primer oltarne slike s figurami svetih Joséja in Ignacija ter pomembni gvatemalski deli. Na naslovnici San Javierja so se med čiščenjem kamenja kot tihe priče pojavili udarci šrapnelov, ki so jih leta 1863 prejeli na lokaciji Puebla.
Na podlagi zakona, ki ga je izdal kongres zveze, je San Javier 13. januarja 1834 prešel v last vlade države Puebla in takrat je bila ob templju in kolegiju zgrajena nova državna kaznilnica v skladu z z načrti velikega arhitekta in obnovitelja Pueble Joséja Manza (1787-1860), v maniri zapora v Cincinnatiju. Ta v svojem času zelo napreden projekt je vključeval delavnice za rehabilitacijo zapornikov, ki so jih ohranjale aktivne in zagotavljale sredstva za podporo njihovim družinam.
Začetna zasluga tega dela ustreza generalu Felipeju Codallosu, guvernerju države med letoma 1837-1841, ki je prvi kamen položil 11. decembra 1840. Gradbeni napredek je bil izjemen do leta 1847, ko ga je prekinil in resno prizadel razum ameriške intervencije. Leta 1849 so z guvernerjem Juanom Mújico y Osoriom dela nadaljevali, vendar je nova intervencija, zdaj francoska, ponovno ustavila gradnjo.
Po vzvišeni zmagi 5. maja 1862 in zasedbi vojašnice je Poblano Joaquín Colombres za zaščito mesta predelal kaznilnico v trdnjavo Iturbide in postal junaško mesto leta 1863. San Javier za Delno je bil od 18. do 29. marca istega leta zelo pomemben bastion, kjer so mehiške čete napisale enega svojih najboljših epov, čeprav je bila stavba zaradi bombardiranja skoraj popolnoma uničena.
Leto kasneje, leta 1864, je močan potres močno poškodoval zaporski kompleks in stavbo San Javier, s katere je padel njen edini stolp.
13. decembra 1879 se je skupina Pueblanov lotila nadaljevanja in dokončanja velikega dela, tako da je ustanovila odbor za obnovo, ki ga je z ukazom državnega kongresa sponzoriral general Juan Crisóstomo Bonilla (guverner od 1878 do 1880). Dela so se začela 5. februarja 1880 pod vodstvom arhitekta Puebla Eduarda Tamariz in Juana Calve y Zamudio, ki sta spoštovala prvotne smernice Joséja Manza.
S poznejšimi guvernerji entitete (generali Juan N. Méndez, ki je vladal leta 1880, in Rosendo Márquez, ki je to opravljal med letoma 1881 in 1892) je bilo zaključeno neskončno delo. Obnova je bila skoraj končana: moška in ženska stanovanja, trezorji, stopnice, pisarne, 36 paviljonov in pol tisoč celic.
1. aprila 1891 je bila v državi odpravljena smrtna kazen - prva v državi -, ustanovljen je bil Odbor za zaščito zapornikov in izvedene različne reforme Kazenskega zakonika te entitete, naslednji dan pa je bil predsednik Porfirio Díaz. Republika je začela služiti kaznilnico.
Glede stroškov gradnje je treba omeniti naslednje podatke: leta 1840 je bil za prodajo alkoholnih pijač določen poseben 2,5-odstotni prispevek, leta 1848 pa je bila pulkerijam določena kvota 2 reales se manarios, " davki «, ki nikoli niso zadostovali za veliko delo. Od 1847 do 1863 je bilo vloženih 119.540,42 pesosov, od 1880 do 1891 pa 182.085,14.
Občine so mesečno pokrivale preživnino zapornikov, ki prihajajo iz njihove regije. Letni izdatki kaznilnice so v prvih letih znašali več kot 40 tisoč pesosov. Leta 1903 sta zdravnika Gregorio Vergara in Francisco Martínez Baca ustanovila antropometrični in kriminalistični laboratorij ter muzej z več kot 60 lobanjami zapornikov, ki so umrli v zaporu, trenutno pod skrbništvom INAH.
Stavba San Javier je imela različne namene: vojašnice, skladišče, vojaška bolnišnica, epidemična bolnišnica, gasilski dom, občinski elektrooddelek in jedilnica zavoda, zaradi česar je bila postopoma uničena. Leta 1948 je bila na dvorišču in arkadah San Javierja nameščena državna šola, ki je hudo poškodovala arhitekturni kompleks, leta 1973 in zadnja leta pa so bili njeni oboki resno prizadeti.
Kaznilnica v Puebli je delovala do leta 1984, leta, ko je guverner države Guillermo Jiménez Morales organiziral ljudsko posvetovanje, da bi odločitev o uporabi in namembnosti teh zgodovinskih stavb prepustil ljudem Puebla, v enem od nadarjenost Francisca Javierja Clavijera, širili so se naši avtohtoni jeziki in izvajali pomembna izobraževalna dela, poleg bizarne obrambe nacionalne integritete v obeh, vsaj dvakrat. Poblano so soglasno prosili izvršnega direktorja, naj preoblikuje kaznilnico in reši San Javier, da jih bo posvetil kulturnim dejavnostim in kot bogata pričevanja bistvenega pomena za ohranitev zgodovinskega spomina Pueble.
