Misija se nahaja v dolini San Miguel in jo zaliva istoimenski potok. 12. marca 1787 jo je ustanovil dominikanec Luis de SAles, naslednje leto pa je spremenil prvotno naselje in se naselil 7 km severneje.
V letu ustanovitve je San Miguel registriral 137 prebivalcev; od 224 leta 1800 do med 350 in 400 leta 1824. Vlažno podnebje v regiji je bilo naklonjeno gojenju pšenice, koruze, čičerike, fižola in ječmena; Poleg teh izdelkov so uporabljali tudi samonikle rastline, kot so mezcal, želod in chia semena. Bližina obale je omogočala pridobivanje soli in veliko različnih školjk in rib. Zemljišča ob potoku San Miguel so bila potrebni pašniki za velike črede konj, oslov, mul, goveda in ovac, ki so bile vse ključne za razvoj misij v regiji.
55 km južno od Rosarita in 35 severno od Ensenade po zvezni avtocesti št. 1 (brezplačno), v mestu La Misión.