Hidalgo je odšel proti Aguascalientesu in se odpravil proti Zacatecasu. Tu so ugotovili, da so glavni voditelji z najboljšimi četami in denarjem odšli v ZDA.
Ko so bili na poti, so jih rojalisti 21. marca odpeljali v ujetništvo v Norias del Baján ali Acatita del Baján. Hidalga so odpeljali v Monclovo, od tam je 26. marca odšel skozi Alamo in Mapimí, 23. pa je vstopil v Chihuahua. Nato se je oblikoval postopek in 7. maja je bila sprejeta prva izjava. Cerkveni značaj Hidalga je povzročil, da se je njegov postopek zavlekel bolj kot njegovi tovariši.
Izgubljena kazen je bila izrečena 27. julija, 29. julija pa je bila izvršena v kraljevi bolnišnici, kjer je bil zaprt Hidalgo. Vojni svet je zapornika obsodil na orožje, ne na javno mesto, kot so njegovi tovariši, in ga ustrelil v prsni koš in ne v hrbet, s čimer je ohranil glavo. Hidalgo je stavek mirno slišal in se pripravil na smrt.
Njegov zadnji dan je opisan takole: »V zaporu so mu postregli čokoladni zajtrk in ga prosil, naj mu namesto vode postrežejo s kozarcem mleka, ki ga je končal z izjemnim apetitom in užitkom. Trenutek kasneje so mu povedali, da je napočil čas za mučenje; Slišal ga je brez sprememb, vstal je na noge in izjavil, da je pripravljen oditi. Pravzaprav je prišel iz gnusne kocke, v kateri je bil, in se je po korakih petnajst ali dvajset korakov za trenutek ustavil, ker ga je častnik straže vprašal, ali mu je bilo treba kaj ponuditi na razpolago nazadnje; Na to je odgovoril pritrdilno, da želi, da mu prinesejo nekaj sladkarij, ki jih je pustil na blazinah: res so jih prinesli in jih razdelil med iste vojake, ki naj bi streljali nanj in korakali za njim, jih spodbudil in potolažil s svojim odpuščanjem in njegove najslajše besede, da opravljajo svoje delo; In ker je dobro vedel, da mu je bilo naročeno, naj ne strelja z glavo, in se je bal, da bo zelo trpel, ker je bil še mrak in predmeti niso bili jasno vidni, je zaključil z besedami: »Desna roka, ki jo bom dal na prsi, bo , moji otroci, varna tarča, do katere morate iti ".
»Klop mučenja je bil postavljen tam v notranji ogradi omenjene šole, za razliko od tega, kar je bilo storjeno z drugimi junaki, ki so bili usmrčeni na majhnem trgu za omenjeno stavbo in tam, kjer je danes spomenik. to nas spominja nanj in nov nakupovalni center, ki je nosil njegovo ime; in ko je Hidalgo vedel za kraj, kamor je bil nagovorjen, je stopil s trdnim in spokojnim korakom in ne da bi si privezal oči, molil je z močnim in gorečim glasom psalm Miserere me; Prispel je na oder, ga z resignacijo in spoštovanjem poljubil in kljub nekaterim prepirom, zaradi katerih ni sedel s hrbtom, je zavzel sedež obrnjen spredaj, položil roko na srce in vojake opomnil, da je to točka, kamor naj ga ustrelijo, in trenutek kasneje je eksplodiralo pet pušk, od katerih je ena učinkovito prebila desno roko, ne da bi poškodovala srce. Junak je bil skoraj nepristranski napeti k molitvi in njihovi glasovi so bili utišani, ko je bilo spet detoniranih pet gobcev pušk, katerih krogle so, mimo telesa, pretrgale vezi, ki so ga vezale na klop, in mož je padel v jezero krvi še ni umrl; potrebne so bile še tri krogle, da bi končali tisti dragoceni obstoj, ki je več kot 50 let spoštoval smrt. "
Njegova glava z glavo Allendeja, Aldame in Jiméneza je bila postavljena v železne kletke na vogalih Alhóndiga de Granaditas v Guanajuatu. Telo so pokopali v tretjem redu San Francisco de Chihuahua, leta 1824 pa so prtljažnik in glavo prinesli v Mehiko, da bi jih pokopali z veliko slovesnostjo.
