Rojen v Ozumbi v zvezni državi Mehika leta 1737, je sprejel versko kariero in bil pri dvajsetih letih posvečen v duhovnika.
Kljub filozofski izobrazbi se že zelo mlad ukvarja z znanjem in uporabo naravoslovja, fizike, matematike in astronomije. V časopisih in revijah svojega časa objavlja dragocena dela o znanstvenih temah. Pridobil je mednarodni sloves in bil imenovan za ustreznega partnerja Pariške akademije znanosti. Večino svojega časa porabi za izvedbo znanstvenih eksperimentov in sestavi ogromno knjižnico. Je zbiralec arheoloških kosov in redkih primerkov rastlin in živali. Raziščite Xochicalco. Da bi se mu poklonili, je bilo leta 1884 ustanovljeno Znanstveno društvo Antonio Alzate, ki je leta 1935 postalo Nacionalna akademija znanosti. Njegovo najbolj znano uredniško delo so opombe k antični zgodovini Mehike jezuita Francisca Javierja Clavijera. Rečeno je, da je daljni sorodnik Sor Juane Inés de la Cruz. Umrl je v Mexico Cityju leta 1799.
