Kolonizacija teh oddaljenih dežel je bila dosežena po zaslugi neomajne volje in neutrudnega dela skupine jezuitskih misijonarjev, ki so se, ker so vedeli, da osvajalci niso mogli podrediti staroselcev, odločili, da jim prinesejo evangelij in tako z besedo dosegli kar ni bilo doseženo z orožjem.
Tako so konec 17. stoletja misijonarji na navdušeno pobudo jezuita Eusebija Kina, ki je od španskih oblasti dobil dovoljenje za odhod admirala Isidra Atonda y Antillóna, prispeli na nekdanji otok, evangelizirati svoje neukročene prebivalce. Za izdajo dovoljenja je krona postavila pogoj, da se osvajanje izvede v imenu španskega kralja in da misijonarji sami pridobijo sredstva za izvedbo zaveze.
Prvo misijo, Santa María de Loreto, je leta 1697 ustanovil pater José María Salvatierra, ki je bil v Tarahumari in ki ga je oče Kino predlagal za veliko delo. Santa María de Loreto je bila več kot sto let politična, gospodarska in verska prestolnica Kalifornije.
V naslednjih treh četrt stoletjih so misijonarji ustanovili verigo osemnajstih imenitnih trdnjav, povezanih s tako imenovano "kraljevsko cesto", ki so jo sami zgradili in povezovali regijo Los Cabos na jugu polotoka do sedanje meje z našo sosed na severu; To je bilo mogoče, ker so bili med misijonarji kaplani z znanjem o gradbeništvu in hidrotehniki.
Nekatere od teh strašnih zgradb preživijo v popolnem stanju, na primer San Ignacio, eno najlepših in najbolje ohranjenih, ki jo je leta 1728 zgradil oče Juan Bautista Luyando; tista v San Franciscu Javierju, ustanovljena leta 1699, ki je bila sestavljena iz skromne adobe kapele in duhovniške hiše, ki jo je zgradil Fray Francisco María Piccolo; sedanjo stavbo je leta 1774 zgradil oče Miguel Barco, zaradi svoje čudovite arhitekture pa je veljala za "dragulj misij Baja California Sur"; Santa Rosalía de Mulegé, ki jo je leta 1705 ustanovil oče Juan María Basaldúa, 117 kilometrov severno od Loreta, je bila ena najlepših, saj je bila zgrajena v oazi ob morju.
Misije so združevale lepoto arhitekture in bogastvo dekoracije s praktičnim okoljem, kar je omogočilo, da so se okoli njih ustanovile stalne naselbine. Misijonarji niso samo evangelizirali staroselcev, temveč so jih učili, da puščavo rodijo z datljevimi palmami; predstavili so govedo in gojenje koruze, pšenice in sladkornega trsa; Na zemlji so uspeli pridelati sadno drevje, kot sta avokado in fige, in da bi se držali verskih obredov, ki so zahtevali vino in olje, so dobili dovoljenje za gojenje vinske trte in oljke, kar je bilo v preostalem delu Nove države prepovedano. Španija in zahvaljujoč temu danes v regiji pridelujejo odlična vina in oljčno olje. In če vse to ni bilo dovolj, so predstavili tudi prve vrtnice, ki so se razcvetele v teh deželah in ki danes krasijo parke in vrtove celotnega polotoka.
