Gradnja samostana Santo Domingo se je začela leta 1551, v letu, ko je občina Oaxaca dominikanskim bratom odobrila gradnjo mesta v obdobju, ki ni krajše od 20 let.
Leta 1572 samostan ni bil le dokončan, ampak so bila dela že pozna. Občina in dominikanski red sta dosegla dogovor o podaljšanju mandata za dodatnih 30 let v zameno za pomoč bratov pri delu pri vodovodu za mesto. V teh treh desetletjih so dela imela vzpone in padce zaradi pomanjkanja sredstev in Leta 1608 je bila nova stavba še nedokončana, dominikanci pa so se morali tja preseliti, ker so samostan San Pablo, kjer so živeli med gradnjo novega templja, uničili potresi 1603 in 1604. Po poročanju Fraya Antonia de Burgoe je kronist reda, arhitekti samostana so bili Fray Francisco Torantos, Fray Antonio de Barbosa, Fray Agustín de Salazar, Diego López, Juan Rogel in Fray Hernando Cabareos. Leta 1666 so bila samostanska dela ukinjena, začela so se tudi druga, na primer kapela rožnega venca, ki je bila odprta leta 1731. Tako je skozi 18. stoletje Santo Domingo rasel in bil obogaten z neštetimi umetniškimi deli, dokler ni postal magna predstavniško delo treh stoletij podkraljevstva v Oaxaci.
Njegovo uničenje se je začelo v 19. stoletju. Od leta 1812 so ga zaporedoma zasedle čete z različnih strani v konfliktu, ki so izhajale iz vojn, ki so se zgodile od neodvisnosti do Porfiriata. Leta 1869 je z rušenjem štirinajstih oltarnih del, ki jih je odobril general Félix Díaz, izginila množica umetniških del, dragocenih slik, skulptur in izrezljanih srebrnih predmetov.
Dvajset let kasneje je nadškof Oaxace, dr. Eulogio Gillow, vlado Porfirio Díaz obljubil, da bi tempelj obnovil, in ga začel obnavljati s pomočjo uglednih don Oaxacana Andrésa Portilla in dr. Angela Vasconcelosa.
Dominikanci so se vrnili do leta 1939. Do takrat je uporaba vojašnice vplivala na njeno strukturo in spremenila organizacijo notranjih prostorov, poleg tega pa je bil izgubljen velik del slikovne in kiparske ornamentike prvotnega samostana. Vendar pa je vojaška okupacija, ki je trajala 182 let, preprečila prodajo in razdelitev samostana med reformacijsko vojno.
Tempelj se je v prvotni uporabi vrnil konec devetnajstega stoletja, leta 1939 pa so dominikanci prenovili del samostana. Leta 1962 so bila izvedena dela za pretvorbo območja okoli glavnega samostana v muzej, dela pa so bila zaključena leta 1974 z reševanjem celotne površine starega atrija.
Arheološko raziskovanje je omogočilo z gotovostjo ugotoviti, kako so bile rešene platnice spomenika; določite ravni. tla med zaporednimi poklici; poznati pristne arhitekturne elemente in zgraditi pomembno zbirko keramike, izdelane med 16. in 19. stoletjem. Pri obnovi so se odločili za uporabo prvotnih gradbenih sistemov in vključili veliko število delavcev iz same države. Na ta način so se rešili pozabljeni posli, kot so kovanje železa, tesarstvo iz trdega lesa, izdelava opeke in druge dejavnosti, ki so jih mojstri Oaxacana mojstrsko opravljali.
Sprejeto je bilo merilo največjega spoštovanja zgrajenega dela: nobenega zidu ali originalnega arhitekturnega elementa se ne bi dotaknili, projekt pa bi spremenili, da bi ga vedno prilagodili predstavljenim ugotovitvam. Na ta način je bilo najdenih več izvirnikov, ki so bili prekriti in zamenjane stene, ki so izginile.
Kompleks, ki si je povrnil dobršen del nekdanjega sijaja, je zgrajen s kamnitimi zidanimi zidovi, pokritimi z zelenimi kamnolomi. Le v drugem nadstropju je nekaj opečnih zidov. Prvotne strehe, ki so ohranjene in tiste, ki so bile zamenjane, so vsi opečni oboki različnih vrst: obstajajo cevni oboki s polkrožnim lokom; drugi, katerih vodilo je lok s tremi središči; najdemo tudi sferične in eliptične oboke; trebušni oboki na stičišču dveh cevnih obokov in izjemoma kamnitih rebrastih obokov. Obnova je pokazala, da so bili nekoč manjkajoči oboki uničeni in v redkih primerih nadomeščeni z lesenimi tramovi. To je bilo preverjeno pri izdelavi zalivov, ki so kazali brazgotine na vrhu obzidja, od koder so se začeli prvotni oboki.
Poleg tega je bila opravljena dokumentarna zgodovinska preiskava in ugotovljeno je bilo, da je kronist dominikanskega reda Fray Francisco de Burgoa, ko je leta 1676 opisoval samostan, kasneje zapisal: "To je spalnica po zapori, ki ni prenosljiva, oboka in na eni strani ter na drugi strani z drugimi vrstami celic in vsaka je obokana niša z osmimi varami prostornine; in vsak z enakimi palicami, na vzhodu in zahodu drugi.
Kubler v svoji Zgodovini arhitekture iz 16. stoletja omenja naslednje: »Ko so dominikanci iz Oaxace v 17. stoletju zasedli svojo novo stavbo, so obokane sobe še vedno imele les lažnih del, morda zaradi njihovega dolgega časa. postavi malto. "
Glede samostanskega vrta je bilo predlagano, da ga obnovimo kot zgodovinski etnobotanični vrt z vzorcem biotske raznovrstnosti Oaxace in obnovimo vrt zdravilnih rastlin, ki so obstajali v samostanu. Arheološka raziskovanja so prinesla izjemne rezultate, saj so bili stari deli odvodov starodavnih odvodov. namakalni sistem na podlagi kanalov, cest in nekaterih odvisnosti, kot so pralnice.
Obiskovalci mesta Oaxaca imajo zdaj možnost, da v svoj načrt vključijo obisk najpomembnejšega zgodovinskega spomenika v državi.
